扫描式打标系统由计算机、激光器和X-Y扫描机构三部分组成，其工作原理是将需要打标的信息输入计算机，计算机按照事先设计好的程序控制激光器和X-Y扫描机构，使经过特殊光学系统变换的高能量激光点在被加工表面上扫描运动，形成标记。
通常X-Y扫描机构有两种结构形式：一种是机械扫描式，另一种是振镜扫描式。
机械扫描式打标系统不是采用通过改变反射镜的旋转角度去移动光束，而是通过机械的方法对反射镜进行X-Y坐标的平移，从而改变激光束到达工件的位置，这种打标系统的X-Y扫描机构通常是用绘图仪改装。其工作过程：激光束经过反光镜①、②转折光路后，再经过光笔（聚焦透镜）③作用射到被加工工件上。其中绘图仪笔臂④只能带着反光镜①和②沿X轴方向来回运动；光笔③连同它上端的反光镜②（两者固定在一起）只能沿Y轴方向运动。在计算机的控制下（一般通过并口输出控制信号），光笔在Y方向上的运动与笔臂 在X方向上的运动合成，可使输出激光到达平面内任意点，从而标刻出任意图形和文字。
振镜扫描式打标系统一般使用连续光泵工作波长为1.06μm的Nd:YAG激光器，输出功率为10～120W，激光输出可以是连续的，也可以是Q开关调制的。发展的射频激励CO2激光器，也被用于振镜扫描式激光打标机。
用于打标的激光器主要有Nd:YAG激光器和CO2激光器。Nd:YAG激光器产生的激光能被金属和绝大多数塑料很好地吸收，而且其波长短(为1.06μm)，聚焦的光斑小，因而适合在金属等材料上进行高清晰度的标记。CO2激光器产生的激光波长为10.6μm，木制品、玻璃、聚合物和多数透明材料对其有很好的吸收效果，因而特别适合在非金属表面上进行标记。