进料加工贸易的进口，其大体的程序差不多。不同的是要先办手册。（关于手册的办理有空再另辟主题）分为进料加工手册和来料加工手册。报关的时候要用加工贸易的手册，再加上一般贸易几口所需的资料进行报关。
再就是缴关税，因为有手册，所以如果你进口的货物是免税的，只缴保证金，有的是需要缴全额的也就是的保证金，有的只缴100元的保证金。这些保证金等你的手册上面的所有进口料件核出口成品都出完了，那就要核销，核销完了你缴的保证金会一分不少的退回给你。和一般贸易所交的关税的操作程序一样。只不过一个是关税，一个是保证金。
海关接受申报的方式一般有3种：口头申报、书面申报及电子数据交换申报，其中以后两种申报形式为主。
按照我国《海关法》的规定，进口货物的申报期限为自运输工具进境之日起14日内，超过14日期限未向海关申报的，由海关按日征收进口货物CIF(或CIP)价格的0．5‰的滞报金。超过3个月未向海关申报的，除有特殊原因的以外，由海关将货物提取变卖，所得价款在扣除运输、装卸、储存等费用和税款后尚有余款的，自货物变卖之日起1年内，经收货人申请，予以发还；逾期无人申请的，上缴国库。 申报的具体手续是：进口货物到货后，申报人根据进口单据填写进口货物报关单向海关申报。
进口，是指将货物从外国境外移送至我国境内的行为。税法规定，凡进入我国海关境内的货物，应于进口报关时向海关缴纳进口环节增值税。
清关（Customs Clearance）即结关，是指进口货物、出口货物和转运货物进入或出口一国海关关境或国境必须向海关申报，办理海关规定的各项手续，履行各项法规规定的义务。
进口清关流程
1.进口换单——去货代或船公司换签D/O。（根据手中提单来确定是到何处换单。H B/L货代提单 M B/L船东提单）
2.海关电子申报——电脑预录、审单、发送、与海关联系/放行。
3.报检（三检）——电子申报放行后，凭报关单四联中的一联去商检局办理报价手续，出通关单或敲三检章。
4.报关——递交纸质资料（2014年11月1日起 [1] ，对企业资质有一定的要求）
5.交税——海关审价按照货物对应编码下税率征税
6.查验（如海关认为有必要）——海关根据货物申报品名的监管条件，与当日查验概率给予查验，如有查验会开出查验通知书
7.放行——海关放行有以下几个步骤：1.一次放行2.开出查验通知书或无查验直接2.次放行3.查验后，做关封后放行。
8.提货——放行后，收货人可提取货物至自有仓库、销售等