电子油门加速器缺点：增加油耗，由于油门加速器提升了油门响应，相当于将驾驶风格更加趋于“激烈”的风格，这样无疑会增加油耗。不过油耗增加并不是很高。操控难度加大电子油门加速器一旦安装，无论当前的路况，驾驶者都会忠实地执行。
加装电子油门加速器对车子的正常使用没有影响的。电子油门加速器通常输出值，都是在发动机核定功率内。不会对汽车有任何危害。
电子油门加速器的弊端？电子油门加速器的弊端主要是使车辆操作难度变大、车辆油耗增加和不方便驾驶。
1、车辆操作难度变大：
手动挡的车型在加装电子油门加速器后，油门变的更加灵敏。所以在车辆起步或者换挡时，油离配合就会更难，可能会出现加油不走或者车辆憋死的情况。
2、车辆油耗增加：
由于油门更加敏感，在车辆行驶中或多或少就会使油耗有所增加。但是油耗增大程度并不算特别严重，一般是可以接受的。
3、不方便驾驶：
当汽车加装电子油门加速器后，车辆的驾驶风格就变得更加激进，自动挡车型降挡就会更加积极。在某些道路情况复杂或者雨雪天气下，电子油门加速器激进的风格会不方便驾驶员驾驶，并且还会带来一定的隐患。
2、提供虚拟驾驶风格供ecu调整发动机参数：现代发动机的ecu普遍具有驾驶风格自适应能力，如果驾驶者经常快速深踩油门（俗称拉转速），ecu会逐渐认为驾驶者的风格趋向“激烈”，这样发动机会慢慢调整节气门、喷油系统等以得到这种风格下发动机的调整参数。使用电子油门加速器后，即使按照以前“温和”的驾驶风格进行驾驶，发动机依然会得到“激烈”的驾驶体会，这相当于欺骗了ecu，久而久之，发动机会自动修改其各项参数以适应该风格。