与违约金的区别。违约金是指按照当事人的约定或者法律直接规定，当一方当事人违反合同时，应当向另一方当事人支付的金钱。违约金与履约保证金都具有督促债务人履行合同的作用。二者的区别在于：首先，违约金是合同一方违约时承担责任的一种方式，具有补偿性和惩罚性。而履约保证金为合同履行的一种担保方式，是否具备补偿性和惩罚性，法律法规没有明确规定，通说认为其具有补偿性；其次，违约金适用于合同双方当事人，而履约保证金通常只约束一方当事人即中标人，当接受履约保证金的招标人违约时，履约保证金对其不起作用；第三，违约金一般无需预付，在债务不履行损害发生后始得请求，而履约保证金则应根据合同约定交纳。
与质押的区别。质押，是指债务人或者第三人将其财产移交债权人占有作为债权的担保。债务人到期不履行债务时，债权人有权就质押财产优先受偿。根据物权法第二百零八条规定：“债务人或者第三人将其金钱以特户、封金、保证金等形式特定化后，移交债权人占有作为债权的担保，债务人不履行债务时，债权人可以以该金钱优先受偿。”货币作为特殊动产，在从种类物向特定物转化后也可以进行质押。设立履约保证金制度的目的是用以督促担保中标人完全履约，不论履约保证金标的物为现金货币，还是其他财产性标的物或可转让的权利，招标人对其均具有排他性的优先受偿权，因此，除前述特定可视为定金的情形外，履约保证金的实质应归为质押担保。
履约保证金的结算包括返还、抵扣或没收等问题。一般来说，履约保证金在中标人履行合同后应予返还，但实践中，招标人与中标人通常会约定根据工程进展程度分阶段返还或在工程竣工后一次性返还，有的还规定以抵扣或没收履约保证金作为承担违约责任的方式之一。笔者认为，合同和法律没有规定的，不得抵扣或没收。对于抵扣或没收情形应限制在施工单位在施工工期、质量或者等违反合同约定应承担违约责任等范围内。在当事人既约定了履约保证金又约定违约责任条款的情况下，依照合同法百一十六条规定：“当事人既约定违约金，又约定定金的，一方违约时，双方可以选择适用违约金或者定金条款。”以及百零七条的规定：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。”履约保证金作为中标人承担违约责任的担保，如果中标人没有及时承担违约责任，履约保证金可作为招标人损失的弥补；如果中标人承担了相关责任，则招标人应在合同责任解除后退还全部的履约保证金。
履约保函办理程序
·申请人向银行申请开立保函并提供有关资料；
·银行进行调查、审查；
·签定协议，落实保证金或反担保；
·开立履约保函。