北京空 军总医院主要承担空 军飞行人员航空病、常见病诊疗防治研究及医学鉴定任务；承担预备航天员的体检选拔任务；承担空 军部队及联勤部队官兵的健康保障和疾病救治；还面向人民群众提供优质医疗服务。已发展成为一所集医疗、教学、科研和预防保健为一体的大型现代化综合性三级甲等医院。
北京空 军总医院目前实际展开床位1000多张，拥有高端诊疗设备总价值6亿多元。年门诊量200多万人次，收治量约4万人次。患者诊疗全过程实现了数字化和信息化管理。患者综合满意率达到98%以上。
年门诊量突破55万人次，在北京市和全军医院皮肤科中，门诊量名列第 一;展开床位66张，在北京市和全军医院皮肤科中，病房规模蕞大。先后荣获国家、军队和北京市科技进步奖20余项;在研科研课题20余项，其中国家自然科学基金7项，科研经费近千万。
北京空 军总医院现有3个国家中医药管理局重点学科（皮肤病重点学科、脊柱软伤专科和代谢病重点专科）、3个军队临床重点专科（口腔、皮肤、航空临床医学）、8个全 军医学专科（专病）中心（临床航空医学、中西医结合正骨、半匹配骨髓移植、肿瘤放疗、小肠疾病内镜诊治、泌尿微创诊疗、优生优育技术指导、心理技术指导中心）、18个专业实验室，主要面向全军承担特殊职业病研究、预防、诊治和应急支援保障任务，承担招收飞行学员体检和飞行人员航空医学鉴定、训练任务及上级赋予的其他任务。