北京儿童医院精神科主要服务内容为心理健康相关的问题和疾病的预防、诊断、治 疗和康复，包括：注意缺陷多动障碍(多动症)、抽动障碍(抽动症)、孤独症谱系障碍、抑郁症、双相情感障碍、精神分裂症、情绪障碍、品行障碍等;各种儿童青少年心理问题的咨询，包括学习困难、人际沟通、网络成瘾、科学育儿、健全人格培养、压力管理等。
北京儿童医院精神科目前已开设如下专业细分门诊：注意缺陷多动门诊、孤独多动抽动门诊、学习困难门诊、心理咨询门诊、青春期心理咨询门诊、精神病专病门诊、精神残疾评估门诊、脑功能及行为发育门诊、脑认知功能评估门诊、心身会诊联络门诊等。
北京儿童医院精神科主任医师陆小彦，主要从事儿内科及感染性疾病的临床和教学工作，历任总住院医师，主治医师，副主任医师，住院病区主任等。1999年在北京大学第六医院专修儿童心理及精神专科，掌握儿童精神疾病的诊断和原则，同年创办儿童医院心理门诊;2001年在中国科学院心理所医学心理咨询与专业学习，并于2003年研究生班毕业、获心理测量及心理从业资格证书;2004年与首都医科大学合作，引进CES(微量生物电径颅磁刺激)技术儿童各种疼痛、紧张、焦虑、等症状并取得良好效果。
北京儿童医院积极发挥学科龙 头作用，领航儿科行业发展。2013年牵头组建北京儿童医院集团，创新“病人不动、医生移动”的模式服务全国患儿，目前理事单位成员已达57家。医院与美国、俄罗斯、加拿大、意大利、澳大利亚、瑞典、德国、法国、日本、新加坡等国家的儿童医疗机构和科研院所建立了良好的关系和广泛的合作，是科技部认定的儿童重大疾病国际科技合作基地。