曾学军教授在多项首发基金连续十年支持下开展大型综合医院与社区医疗机构合作模式的研究。2005年始主持《社区中老年人健康管理规范》的制订和推广，成为国家公共卫生规范项目之一，并于2015年成为国家推荐标准。
近年来，得益于国家对风湿免疫病投入逐步增加，在SLE科技支撑计划/863项目、自身免疫性疾病新药临床评价研究技术平台科技重大专项、卫计委行业科研专项等支持下，以北京协和医院牵头，联合全国近800家风湿病诊治中心，已初步形成系统性红斑狼疮研究协作组（CSTAR）和国家风湿病数据中心（CRDC）的研究网络，成为国内的风湿病研究协作组织，创建了中国风湿病信息数据库、生物样本库（CRIP）和规范化培训和多学科交流平台（CREP），启动了中国风湿病学界的多中心协作研究，发布了中国风湿病学界的规范化诊治共识。
今天的北京协和医院风湿免疫科，是医疗、教学、科研齐头并进的科室典范，连续12年蝉联复旦版《中国医院专科声誉排行榜》风湿专科榜首，连续9年在《中国医院/中国医学院校科技量值（STEM）》风湿病学与自体免疫病学中排名第 一，是中国风湿病学领域当之无愧的“领头羊”。
北京协和医院风湿免疫科从建科时仅有3张病床的小科室发展到今天，协和风湿免疫科已拥有68张病床，年收治患者1500例次以上，年门诊量逾12万人次，不仅注重系统性红斑狼疮、干燥综合征、类风湿关节炎、强直性脊柱炎等常见风湿性疾病的规范诊治，更强调对少见风湿性疾病、风湿性疾病重要脏器损害以及风湿性疾病严重并发症的综合诊治，追求更精 确的诊断、更细致的评估、更有效的治 疗效果。