北京同仁医院拥有教育部重点实验室1个，工信部重点实验室1个，北京市重点实验室5个;工程研究中心1个，省部级工程研究中心4个;省部级国家科技合作基地2个，北京实验室1个。医院是全国防盲技术指导组和防聋治聋技术指导组组长单位，设有世界卫生组织防盲合作中心和世界卫生组织防聋合作中心，作为国际眼库协会会员单位，设有北京同仁眼库。
北京同仁医院眼底科引领国内眼底病治 疗的发展方向，在国内率先开展了间接检眼镜下孔源性视网膜脱离的手术治 疗，蕞早开展了玻璃体视网膜显微手术，创新了视网膜中央动脉栓塞的玻璃体手术治 疗，在驱逐性出血以及眼底肿瘤的放射性敷贴治 疗和局部切除手术治 疗等多个方面处于国内和国际前沿。
在临床相关研究方面，北京同仁医院眼底科开展了增生性玻璃体视网膜病变发病机制的研究，视网膜下人工假体植入技术及组织相容性研究，高度近视眼致病基因定位及蛋白质组学分析，黄斑营养不良的致病基因定位研究，年龄相关性黄斑变性发病危险因素和早期干预研究，以及眼病的流行病学研究等。持续不断的获得了多项及省部级课题经费的支持。发表了系列高质量研究论文，形成了同仁品牌效应和国际影响力。
北京同仁医院眼底科现已发展成为我国规模大、技术力量强的眼底病手术专科。多年来在国内始终保持黄斑疾病手术量首 位。在黄斑部疾病、各种视网膜脱离、糖尿病视网膜病变、高度近视眼底病变、早产儿视网膜病变、眼内肿瘤等主要眼底疾病的诊治水平均处于国际先 进水平。