在几代人的共同努力下，北医三院已发展成为国内高水平的大型综合性医院，拥有二十个学科为国家临床重点专科建设项目（骨科、药剂科（临床药学）、病理科、专科护理、检验科、消化科、妇科、产科、职业病科、耳鼻喉科、心血管分子生物学与调节肽重点实验室、呼吸内科、神经内科、普通外科、泌尿外科、眼科、麻醉科、康复医学科、成形科（整形外科）、运动医学科），妇产科为国家妇产疾病临床医学研究中心，产科、康复医学科为国家产科专业、国家康复医学医疗质量管理和控制中心。
十余年来，北医三院门、急诊量始终居北京市各大医院前列。2018年，年服务门诊患者403万余人次，急诊患者近27万人次，出院患者逾11万人次，完成手术6.3万例次。平均住院日为5.51天/人次。在北京市DRGs（疾病诊断相关组）综合评价中，北医三院各项主要管理指标达先进水平。在北医三院住院患者中，三分之一以上是来自全国各地的疑难杂症患者。
医院连续多年荣获多项荣誉。荣获全国文明单位、全国卫生文化建设先进单位、全国医药卫生系统先进集体、全国医药卫生系统创先争优活动先进集体、全国综合医院中医药工作示范单位、首都十大疾病科技攻关与管理工作核心单位等，神经内科、心血管内科、眼科、运动医学研究所、药剂科等荣获“全国青年文明号”荣誉称号，医院被中华全国总工会授予“模范职工之家”称号。 [2]
2018年，北医三院迎来六十华诞，金秋十月，中国医院创新发展峰会暨北医三院建院60周年学术研讨会在北京国际会议中心召开。大会以“创新点亮未来”为主题与国内外同行共同探索新时代大型医院创新发展之路，引起国内同行的广泛关注。拥有60年历史的北医三院，积淀历久弥新的医院文化，充满朝气与活力。全体北医三院人将继续秉承“团结、奉献、求实、创新”的院训精神，以精湛的医术和高度的责任感承载生命的重托，为建设“医疗中心、高水平的疑难重症诊治中心、临床医学研究中心和医学人才培养基地”而努力奋斗！