医院设有冠心病中心、心律失常中心、急重症中心、心力衰竭中心、肺血管病中心、高血压中心、临床药理中心、血脂异常与心血管病诊治中心、内分泌与心血管病诊治中心、血栓性疾病诊治中心、特需医疗中心、成人外科中心、血管外科中心、小儿外科中心、术后恢复中心、麻醉中心、体外循环中心、放射影像中心、超声影像中心、核医学影像中心、功能检测中心、临床检验中心等临床和医技科室。
中国医学科学院阜外医院（以下简称阜外医院），是三级甲等心血管病专科医院，目前正朝向综合型医院转型发展。阜外医院是国家心血管病中心所在地，是心血管疾病国家重点实验室、国家心血管疾病临床医学研究中心建设承担单位，是获得全国首批“辅导类”国家医学中心和全国国家医学中心实质落地项目建设单位，以诊治各种复杂、疑难和重症心血管疾病而享誉国内外，已成为世界上的心血管疾病诊治中心和集医疗、科研、预防和人才培养于一体的医学研究与教育中心。
阜外医院现有在职员工3833人，截至目前累计培养了院士6人，、省部级有突出贡献专家28人，享受政府津贴83人，中高级职称专业技术人员1709人。同时，阜外医院配备有血管造影机、双源CT、核磁共振、PET-CT、回旋加速器、心血管多模态数字化手术室等与世界接轨的医疗科研设备。
世界上规模的心血管疾病诊治中心
伴随2006年阜外医院内科介入诊疗总量首次破万、2011年外科手术总量首次破万，阜外医院成为世界范围内内、外科手术量均突破万例的特大心血管疾病诊疗中心。
2023年全年门诊942966人次，急诊46470人次，急诊危重症抢救19529人次；出院85842人次，床位周转65.44次，床位使用率98.87%，平均住院日5.47天，死亡率0.15%。住院外科手术18874人次，内科介入手术56223例、射频消融9559例、起搏器植入术2063例。在医疗服务数量持续增长的同时，患者平均住院日、手术死亡率、出院患者死亡率等多项医疗质量评价指标优异。阜外医院在国家三级公立医院绩效考核（其他专科手术组）中连续五年排名，继续保持专科医院等级A等，CMI值（代表收治病例疑难复杂度的病例组合指数）连续五年排名。