医院设有冠心病中心、心律失常中心、急重症中心、心力衰竭中心、肺血管病中心、高血压中心、临床药理中心、血脂异常与心血管病诊治中心、内分泌与心血管病诊治中心、血栓性疾病诊治中心、特需医疗中心、成人外科中心、血管外科中心、小儿外科中心、术后恢复中心、麻醉中心、体外循环中心、放射影像中心、超声影像中心、核医学影像中心、功能检测中心、临床检验中心等临床和医技科室。
影响深远的国际交流
阜外医院立足“国际”心血管病医院建设，积极推进高水平、多层次国际合作。持续保持与加强同国际医学机构合作，组织参加或开展多项国际多中心临床研究。围绕服务“一带一路”战略，与沿线多个国家心血管医院签署合作协议，开展境内外发展中国家青年医生培养教育活动，推动“一带一路”沿线国家提高心血管病防治水平。积极扩大阜外品牌影响力，积极主办和引进高水平国际学术会议，中国心脏大会、中国血管大会等，吸引和邀请国际学者参会并发布国际研究成果。
技术协作网络与专科医联体建设
阜外医院完成中国心血管疾病防治领域近代发展史上影响力的工作，建立了心血管技术培训网络。1982年创建“全国心血管病临床技术协作培训中心”，1988年更名为“中国心血管技术协作培训中心”。自2009年起，阜外医院在全国科学布局，构建分级管理与培训体系，推广适宜有效的心血管疾病防治技术。通过推动全国技术协作网络建设，协作单位已覆盖全国282家医院，带动区域医疗服务能力提升。
阜外医院陆续探索建立了涵盖全国县域层面的高血压、心血管代谢、心力衰竭、心肌病、肺动脉高压、生活方式医学、结构性心脏病、先心病8个专科联盟，持续统筹调动内外部资源，推进专科医联体规范化建设，夯实资源输出体系，为协作单位提供、可持续的帮扶，提升基层获得感，推进各学科专科医联体建设迈出实质步伐。
加强心血管防治新体系建设
阜外医院始终以“心血管病高危人群早期筛查与综合干预项目”“国家基层高血压管理防治管理项目”“三高（高血压、高血糖、高脂血症）共管项目”“中国居民心血管病及其危险因素监测项目”四大国家项目为媒介，提升基层卫生服务能力。
心血管病高危人群早期筛查与综合干预项目自2014年启动，十年间累计筛查社区居民超过524.7万人次，检出心血管病高危对象146.4万人，并完成风险监测干预随访465.7万人次。