黄晓军教授长期聚焦白血病等其他恶性血液疾病的前沿研究和临床，创建骨髓移植中国科学新方案—“北京方案”，解决了“供者来源匮乏”这一世界性医学难题，使亲属成为移植供者的概率由不足25%上升至接近；显著提高了患者生存，使半相合移植白血病的3年生存率从约20%升至70%左右。北京方案改变了世界半相合移植“不可逾越”的传统观念，使半相合移植成为白血病一线方案，促进了全球白血病和骨髓移植学科的在近20年的长足进步。
北京大学人民医院血液科黄晓军加急住院挂号）兼任亚太血液联盟常委会主任、世界华人医师协会第四届理事会副会长、第四、五届中国医师协会血液科医师分会会长、第九届中华医学会血液学分会主委。
黄晓军教授主持国家863计划、国家杰出青年基金、国家自然基金重点项目等国家项目，在白血病等恶性血液病的、诊断等方面进行了系统性和开创性工作，以或通讯作者身份在新英格兰医学杂志（New Eng J Med，2篇）、临床肿瘤学（J Clin Oncol，1篇）、血液学（Blood，6篇）、白血病（Leukemia，5篇）等国际期刊发表SCI论文190篇，主编专著20部。牵头制定多项中国及亚太血液病指南/标准并推广普及，主持我国高水平多中心临床研究，领导建设中国造血干细胞移植登记数据库、慢性髓性白血病联盟，促进我国血液病诊治的规范化及人才建设。
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【社会任职】
《中国实用内科杂志》副主编
《中国学杂志》副主编
《中华医学杂志英文版》编委
《中华医学杂志》编委
《中国医学论坛》报血液肿瘤专刊副主编
《国际输血及血液学杂志》编委
《中国实验血液学杂志》副主编
血液学分会常务委员
北京医师专家委员
北京市血液肿瘤专业委员